L'area protetta è divisa in tre zone. La divisione del territorio in zone permette meglio di precisare i diversi usi del territorio e le attività dell'uomo compatibili con l'esistenza della Riserva stessa.

La Zona 1 è la parte più delicata dal punto di vista geologico, vegetazionale e faunistico, e comprende le pareti rocciose del Contrafforte e tutte le aree a più alta naturalità, che meritano la conservazione assoluta dell'ambiente naturale nella sua integrità. L'accesso dei visitatori è consentito solo a piedi lungo appositi sentieri delimitati. Le attività agricole in essere e l'utilizzo del bosco sono consentiti sotto il controllo dell'Ente di gestione.

La Zona 1/A è quella destinata al mantenimento dell'attività di arrampicata sportiva nella Riserva. Il regolamento della Riserva individua le forme e le modalità dell'attività di arrampicata compatibili con le finalità  istitutive della Riserva, nonché gli accessi consentiti.

La Zona 2 comprende i boschi limitrofi alla Zona 1 ed in genere esposti a nord, le aree coltivate o con una consolidata presenza antropica, i boschi situati nel versante settentrionale di Monte del Frate, le due grandi aree calanchive situate a valle di Monte Adone, nonché la parete di Livergnano. Tale zona è destinata alla conservazione della qualità ambientale e alla regolazione dei rapporti tra attività antropica ed ambiente naturale. Il regolamento della Riserva individua attività, iniziative ed esempi significativi di interazione positiva fra attività antropica e conservazione della natura da sostenere ed incentivare.